水面心形浮叶旁，略伸出的茎上开出黄色小花。东京·竹桥Palaceside大厦正南皇居东御苑二之丸池，约半数水面被荇菜叶群覆盖，其间初夏花色始开。比睡莲、荷花更早开花，此季池畔眺望似与紫色菖蒲各占一半。
荇菜以种子及茎上长枝折断生根两种方式繁殖。种子可在水底土中存活数年，早春水位降低、底露出等条件满足时发芽。水位上升则拉长叶柄适应，骤升则衰弱减少。曾在霞浦常见，生育环境恶化加之水位管理长期偏高而急减，一度列入环境省红皮书濒危II类。
因此霞浦周边市民、自治体、小学生等参与保全复元：岸上加土造浅滩、中止抬水管理等，并新植荇菜，一时见恢复，2007年同书降至近危。
不过宫内厅称，东御苑二之丸池荇菜非霞浦种，原生于皇居内吹上御苑池者繁殖而来——江户之子荇菜。